Das Jahr 2029: Menschen und Cyborgs leben in friedlicher Koexistenz. Fast alle Menschen haben ihren Körper durch künstliche Implantate verändert. Nur das menschliche Gehirn lässt sich nicht synthetisch herstellen. Eingeschlossen in eine Biokapsel – die so genannte Shell- verfügt jeder Cyborg über ein menschliches Zerebrum, also über eine Identität, Persönlichkeit. Die künstlichen Lebewesen sollen eine Seele (Ghost) haben. Die Gesellschaft wird von einem mysteriösen Hacker bedroht, der seinen Spitznamen "Puppet Master" der Tatsache verdankt, dass er die Sicherheitsbarrieren der Shells überwinden und damit Ghost manipulieren kann. Seine Opfer verlieren ihren Willen und begehen Verbrechen für ihn und seine Auftraggeber, werden zu seinen Marionetten. Section 9, eine Spezialeinheit des japanischen Innenministeriums, macht Jagd auf den Marionettenspieler. Major Motoko Kusanagi, die selbst ein Cyborg ist, hat besonderes Interesse daran den Hacker zu ergreifen, erhofft sie sich doch Antworten bezüglich der in den Cyborgkörpern befindlichen Ghosts.
