Protonwerk dient nicht nur der Erweiterung des Ensemblerepertoires, es bietet den Komponist:innen zudem die Möglichkeit, ihre Stücke im professionellen Umfeld zu erarbeiten und aufzuführen. Auf den engen Kontakt zwischen Komponierenden und Interpretierenden legt das Ensemble Proton Bern grossen Wert: Die Musiker:innen des Ensembles bieten individuelle Workshops in allen Arbeitsphasen an und das Gesamt-Ensemble probt die Stücke (bzw. Skizzen) bereits in frühen Phasen des Kompositionsprozesses. Durch Protonwerk treten junge Komponist:innen in Kontakt mit erfahrenen Solist:innen für zeitgenössische Musik. Die Vermittlung instrumenten-technischer Erfahrung steht an erster Stelle, sowie ihr Bezug zum gesamtmusikalischen Ergebnis. Das reiche Instrumentarium von Ensemble Proton Bern ist schweizweit einzigartig, somit können die ausgewählten Komponist:innen seltene Instrumente kennenlernen und für «exotische» Kombinationen jenseits der gängigen Neue-Musik- Besetzungen schreiben.
